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Frankreich: Mit der Netz-Plattform „E-Biothon“ wird die Bioinformatik weiterentwickelt

Die neue Cloud-Plattform soll die Forschung in den Bereichen Biologie, Gesundheit und Umwelt beschleunigen.


Die neue Cloud-Plattform soll die Forschung in den Bereichen Biologie, Gesundheit und Umwelt beschleunigen.

 

Das Centre National pour la Recherche Scientifique (CNRS), IBM, das Institut National de la Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), das Institut Français de Bioinformatique und das innovative start-up-Unternehmen SysFera richten mit „E-Biothon“ eine experimentelle Cloud-Plattform ein, um die Forschung in den Bereichen Biologie, Gesundheit und Umwelt zu beschleunigen. Diese Cloud verfügt über 200 Terabytes (1012 Bytes) Speicherkapazität und über eine Rechnerleistung von 28 Teraflops (1012 Flops). Dies würde es ermöglichen, die komplexen Daten der heutigen Biologie zu behandeln um anwendungsreife Software für die Zukunft zu entwickeln. Die Plattform wurde auf dem Salon „Supercomputing“ (SC 13) vom 18.-21. November in Denver vorgestellt.

 

Frankreich war immer an vorderster Front der medizinischen Forschung tätig, insbesondere was die großen Epidemien und Krankheiten unserer Zeit (AIDS, Krebs, oder Diabetes) betrifft. Die genetische oder proteomische Analyse von Viren oder Patienten wird offenbar immer wichtiger, um neue Behandlungsmethoden zu entwickeln. Die jüngsten technologischen Fortschritte wie z. B. die Hochleistungs-Sequenzierautomaten ermöglichen den Forschern Zugang zu riesigen Rohinformationsmengen (Petabytes von Daten pro Jahr) über die Zusammensetzung von Viren, Bakterien sowie von menschlichem Gewebe. Diese Daten sinnvoll zu analysieren ist eine schwierige Aufgabe, die umfangreiche informationstechnische Verarbeitung erfordert.

 

Um diese Datenverarbeitung zu beschleunigen, haben CNRS, IBM, lnria, das Institut français de Bioinformatique und SysFera sich zusamengeschlossen, um diese Cloud-Plattform Forschern zu Verfügung zu stellen; sie wird vom  Institut du développement et des ressources en informatique scientifique (Idris) betreut, dem CNRS-Zentrum für intensive Datenverarbeitung sehr hoher Leistung in Orsay. Das anwendungsorientierte Portal mit einer starken Rechnerleistung zusammenzuschließen erlaubt Software und Anwendungen zu entwickeln, die es ermöglichen, die Forschung im Bereich Biologie und Gesundheit zu beschleunigen, insbesondere im Bereich der Genetik und der Proteomik. Ziel ist, das Verständnis genetischer Krankheit schneller voranschreiten zu lassen, namentlich neuromuskulare Erkrankungen und die Entwicklung neuer Behandlungsmethoden für Rupturen drastisch  zu beschleunigen.

 

Die Plattform besteht aus Hochleistungssystemen IBM Bluegene/P mit einer Leistung von 28 Teraflops verbunden mit einem Speicherumfang von 200 Terabytes und der Lösung SysFera-DS, die den Benutzern einen Internetzugang zu den Ressourcen bietet. Über dieses Portal haben die Forscher Zugang zu einer ganzen Arbeitsumgebung, die ihnen die Informationsbearbeitung in Anbindung an die Analysen in den Bereichen der Genomik, der  Proteomik und Metabolik erlaubt und darauf aufbauend die Bearbeitung entwickelter Fakten mittels eines einfachen Netznavigators ermöglicht.

 

Zunächst sind drei Pilotanwendungen entwickelt worden, nämlich im Bereich der Epidemiologie und der Biodiversität. Nach dieser Anfangsphase ist geplant, diese Plattform, die von France Grilles und dem Institut français de Bioinformatique unterhalten wird, der gesamten Science Community zugänglich zu machen.

 

Quelle: CNRShttp://www2.cnrs.fr/presse/communique/3313.htm

 

Redaktion: 02.12.2013 von Dr.rer.nat Bernd Kramer, DFGWT – Deutsch-Französische Gesellschaft für Wissenschaft und Technologie e. V.

 

Länder: Frankreich

Themen: Information u. Kommunikation, Infrastruktur

Weitere Informationen

Links/Institutionen

CNRS – Nationales Zentrum für wissenschaftliche Forschung

INRIA – Nationales Forschungsinstitut für Informatik und Automatik